En savoir plus

Responsables: Hélène Billard/Marie-Cécile Alexandre-Gouabau

Contacts: helene.billard@inrae.fr/marie-cecile.alexandre-gouabau@inrae.fr 

Applications

- Etude de la diversité des espèces bactériennes présentes dans des échantillons collectés dans des groupes expérimentaux dans le cadre de projets scientifiques

- Analyse des microARNs (miRNA) impliqués dans la régulation de nombreuses fonctions biologiques et de plus en plus utilisés en tant que biomarqueurs de certaines pathologies

- Analyse des changements métaboliques dans des modèles de programmation nutritionnelle durant les premières périodes de la vie

- Création et gestion de bases de données relationnelles adossées à des projets de recherche / biocollections (expérimentation animale ou clinique), de questionnaires, de sites web

Logiciels

1) Plateforme web pour traiter des données issues de techniques haut débit : Galaxy

        - Métagénétique 16S:

          Workflow FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution)

          http://frogs.toulouse.inra.fr/

          Genotoul bioinformatics platform for computing/storage resources

       - miRNAseq:

          Workflow PAQmiR (Prediction Annotation and Quantification of miRNA with miRDeep2)

          https://migale.inrae.fr/

          Migale bioinformatics platform for computing/storage resources 

      - Métabolomique:

         Workflow4metabolomics

         https://workflow4metabolomics.org/

         Genotoul bioinformatics platform for computing/storage resources

2) Serveur web pour l’analyse de données métaboliques dans le contexte des réseaux métaboliques : MetExplore

        https://metexplore.toulouse.inrae.fr/index.html/

        MetExplore is hosted by Genotoul bioinformatics platform

3) Système de Gestion de Base de Donnée relationnelle : Access

4) Questionnaires : Epidata, Limesurvey (en ligne)

5) Outil de gestion de contenu de site web : eZpublish, HTML